全面兼容丨真迈生物(wù)SURFSeq 5000在百迈客百创空间转录组學(xué)芯片兼容性测试中(zhōng)表现优异
时间:
2024-05-14
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空间转录组技(jì )术,凭借成像、生物(wù)标记、测序及生物(wù)信息學(xué)等工(gōng)具(jù),精(jīng)确定位组织切片中(zhōng)的基因表达,已成為(wèi)研究细胞类型结构、分(fēn)化状态、细胞间互作(zuò)及疾病发育机制的关键手段。该技(jì )术屡获殊荣,如2023年入选未来十大影响世界技(jì )术,2022年荣登Nature七大瞩目技(jì )术,2020年斩获Nature Methods年度技(jì )术方法。展望未来,空间转录组技(jì )术无疑将引领科(kē)研新(xīn)潮流。


近日,百迈客生物(wù)使用(yòng)自主开发的空间转录组學(xué)产(chǎn)品百创S1000,基于真迈生物(wù)SURFSeq 5000高通量基因测序平台进行兼容性测试。结果显示在基因组唯一比对率,转录本比对率,中(zhōng)位基因数等各项指标上都表现出色,展现出SURFSeq 5000高通量基因测序平台与百创S1000空间转率组芯片的良好兼容性。


【测试方案】
  • 物(wù)种信息:小(xiǎo)鼠(1例),昆虫(2例)

  • 测序策略:真迈生物(wù)SURFSeq 5000,PE150

  • 分(fēn)析软件:BSTMatrix


【测试结果】

(1)测序数据质(zhì)量表现优异

全面兼容丨真迈生物(wù) SURFSeq 5000 在百迈克百创空间转录组學(xué)芯片兼容性测试中(zhōng)表现优异

全面兼容丨真迈生物(wù)SURFSeq 5000在百迈客百创空间转录组學(xué)芯片兼容性测试中(zhōng)表现优异



(2)空间重要参数表现出色

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测试数据显著表明,SURFSeq 5000测序平台和百创S1000在空间聚类上展现出良好的性能(néng)表现。



(3)空间聚类展现出卓越解析度

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在针对中(zhōng)脑的单细胞级空间聚类分(fēn)析中(zhōng),即便在数据不饱和的条件下,使用(yòng)SURFSeq 5000测序平台进行测序仍然展现出卓越的解析度,这一结果再次验证了SURFSeq 5000测序平台和百创S1000兼容性方面的出色性能(néng)。


全面兼容丨真迈生物(wù)SURFSeq 5000在百迈客百创空间转录组學(xué)芯片兼容性测试中(zhōng)表现优异


【性能(néng)进一步释放】

為(wèi)了深入验证百创S1000在更高测序数据量上的性能(néng)表现,研究人员随机选取了BMK_ST_9(鼠脑)样本在SURFSeq 5000测序平台上进行了数据加测(Nnumber of  Rreads:5,094,460,583)。经过详尽分(fēn)析发现,无论在任何分(fēn)辨率下,这些数据均展现出卓越的空间解析能(néng)力,进一步确认了SURFSeq 5000测序平台与百创S1000卓越的兼容性和性能(néng)表现。


(1)百创空间多(duō)级分(fēn)辨率结果

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百创S1000基于SURFSeq 5000测序平台的多(duō)级分(fēn)辨率统计表

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百创S1000基于SURFSeq 5000测序平台的多(duō)级分(fēn)辨率部分(fēn)聚类图



(2)“三片合一”实现细胞分(fēn)割

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基于原片无错高清H&E+原片无错荧光+原片高通量测序,“三片合一”对样本数据进行了细胞分(fēn)割分(fēn)析,一共切出了68,279个细胞,单细胞级分(fēn)辨率下中(zhōng)位基因数高达2,625,中(zhōng)位UMI数达6,631,全局下聚类得到28类cluster,数据表现处于领先水平。


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本次测试展示了真迈生物(wù)SURFSeq 5000高通量基因测序平台与百迈客生物(wù)百创S1000空间转录组學(xué)产(chǎn)品组合应用(yòng)的优秀性能(néng)。真迈生物(wù)期待与行业内合作(zuò)伙伴共同打造基因测序平台应用(yòng)生态联盟,充分(fēn)发挥和利用(yòng)各方优势,為(wèi)广大用(yòng)户提供全流程、最全面的解决方案。


真迈生物(wù)SURFSeq 5000

SURFSeq 5000高通量基因测序平台应用(yòng)广泛,速度快,质(zhì)量优,成本省。它以桌面仪器成本、小(xiǎo)样本数量开机成本实现了与大型机器相媲美的高通量测序价格。真迈生物(wù)致力于持续满足行业对测序优化的需求,与合作(zuò)伙伴深度合作(zuò),為(wèi)前沿科(kē)研探索和精(jīng)准医(yī)疗提供强有(yǒu)力的支持。


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百创S系列空间转录组學(xué)产(chǎn)品

创S系列空间转录學(xué)芯片已正式发布三款:百创S1000(per spot2.5μm,分(fēn)辨率4.8μm,區(qū)域6.8mm*6.8mm),百创S2000(per spot2.5μm,分(fēn)辨率4.8μm,區(qū)域11mm*11mm、15mm*20mm)以及最新(xīn)的百创S3000(per spot2.5μm,分(fēn)辨率3.5μm,區(qū)域6.8mm*6.8mm),相较于现在广受市场认可(kě)与好评的百创S1000转录组學(xué)芯片,百创S3000捕获位点数提升近2倍,分(fēn)辨率同样提升近2倍,相同的测序饱和度下,单细胞级别分(fēn)辨率下中(zhōng)位UMI提升了30%~70%,中(zhōng)位基因数提升30%-60%。并基于此,开发出了百创自己的专利技(jì )术,可(kě)以通过完全无错的原片高清明场图像 + 与明场图像完全对齐的原片荧光图像 + 原片高通量测序,“三片合一”进行精(jīng)准的细胞分(fēn)割,為(wèi)科(kē)研工(gōng)作(zuò)者提供了前所未有(yǒu)的研究视角。


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